STLK:n ensimmäiset jäsenseurakunnat syntyivät 1923.

Seurakunnat järjestäytyivät kirkkokunnaksi 1929.

Suomessa sekaoppisessa kirkollisuudessa pastori F.G. Hedbergin vaikutuksesta alkoi syntyä evankelinen liike, joka pitäytyi luterilaiseen, Raamatun mukaiseen oppiin ja tunnustukseen. Se alkoi muotoutua 1840-luvulla ja järjestäytyi 1873 Suomen ev. luterilaisen kirkon yhteyteen Suomen Luterilainen Evankeliumyhdistys nimisenä (SLEY). Sama usko, oppi ja tunnustus yhdisti näin evankelisia läheiseen yhteyteen. Yhdistys tahtoi toisin toimivan kirkon piirissä seurata tunnustuksellisen luterilaisuuden tietä vanhan kirkkolain selvän ohjeen mukaan. Kun kansankirkko loittoni puhtaasta luterilaisuudesta edelleen uuden kirkkolain astuttua voimaan 1870, kaipasi osa yhä kiinteämmin yhdistyksen toimintaan turvautuvista omia seurakuntia. Järjestäytymisen oikeutusta ei kuitenkaan tunnettu.

Vuoden 1920 tienoilla tultiin tuntemaan ulkomailla toimivia tunnustuksellisia luterilaisia seurakuntia ja kirkkoja. Siinä yhteydessä selveni myös Jumalan sanaan perustuva oikeutus niiden toimintaan.

Niin kokoonnuttiin ensin keskustelemaan aiheesta ja sitten toisessa kokouksessa tehtiin päätös seurakuntien perustamisesta. Päätös johti eroon valtakirkosta.

Vuodesta 1923 alkaen kokoontui tunnustuksellisia luterilaisia itsenäisiksi seurakunniksi niin evankeelisesta liikkeestä kuin samaa uskoa tunnustavia muualtakin. Vuonna 1926 oli seurakunniksi kokoonnuttu 18 paikkakunnalla, joista osa ja niiden yhteisestä jäsenmäärästä yli puolet kuitenkin irrottautui kannattamaan oppia, joka poikkesi luterilaisten tunnustuskirjojen opista ja julistautui erilliseksi seurakuntaliitoksi.

Ehdottomasti luterilaiseen oppiin pitäytyvät seurakunnat toimivat ensin lähes 5 vuoden ajan rekisteröimättöminä apostolisten seurakuntien tavoin yhden uskon ja tunnustuksen perusteella. Sinä aikana oli tutkittu ja todettu keskinäinen uskonveljellisyys vallitsevaksi seurakuntien kesken ja kirkkokunnan perustava kokous pidettiin Lahdessa 28.5. 1928. Suomen Tunnustuksellinen Luterilainen Kirkko (silloin Suomen Vapaa Ev. Luterilainen Kirkko) paikallisseurakuntineen rekisteröitiin valtioneuvoston päätöksellä 1929. Rekisteröimisen mahdollisti 6.10.1922 annettu uskonnonvapauslaki. Uudet säännöt ja nykyinen selvempi nimi vahvistettiin opetusministeriössä 1967.

Suomen Tunnustukselliseksi Luterilaiseksi Kirkoksi yhdistyneiden seurakuntien perustamisessa mukana olleet pastorit ja seurakuntien perustamisvuodet:

KAUKO VALVE, Lahti ja Kuusankoski 1923, Selänpää 1925 ja Vuoksela 1926.

A. AIJAL UPPALA (ent. Wegelius), Hämeenlinna 1924, Helsinki ja Turku 1925.

VÄINÖ I. SALONEN, Kuolemajärvi 1924, Koskenpää ja Jämsä 1925 sekä Vuoksela 1926.

R. G. WEGELIUS, Karstula ja Kyyjärvi 1924.

Myöhemmin on seurakuntia eri aikoina yhdistynyt käytännöllisistä syistä. Nykyisin niitä on 2, Helsingin  ja Tampereen seurakunnat, jotka kukin käsittävät useampia paikkakuntia laajasti eri puolilla maata.